Une nouvelle stratégie de dépistage pour déceler rapidement les variants inquiétants du SRAS-CoV-2

Avec l’évolution de la pandémie, il devient de plus en plus important d’adapter systématiquement les capacités de dépistage de tous les variants inquiétants. Dans un récent article, le D^r Marc Romney, un chercheur financé par le GTIC, et son équipe de l’Université de la Colombie-Britannique ont proposé une nouvelle stratégie de dépistage rapide des variants en circulation, ce qui leur a permis de découvrir un vaste éventail de cas du variant B.1.1.28/P.1 qui provient du Japon et du Brésil, auparavant non attesté en Colombie-Britannique. Qui plus est, cette nouvelle méthode est plus rapide et moins coûteuse que la norme actuelle, les échantillons n’ont pas besoin de contenir des charges virales élevées, et la méthode peut être intensifiée pour dépister tous les échantillons positifs au SRAS-CoV-2.

La détection précoce et rapide des variants inquiétants du SRAS-CoV-2 est d’une importance sanitaire capitale pour prévenir et contrôler la transmission généralisée des variants problématiques. Non seulement ces variants ont-ils évolué pour devenir plus transmissibles¹ et moins vulnérables aux anticorps neutralisants^2,3, mais leurs multiples mutations récentes pourraient les rendre plus difficiles à mettre en évidence au moyen de certains modes de dépistage classiques du SRAS-CoV-2⁴. Ce problème est particulièrement préoccupant pour les dosages qui ciblent le gène S, dans lequel résident la majorité de ces nouvelles mutations.

Les auteurs de l’étude ont analysé près de 32 000 écouvillons nasaux et tests salivaires ou rinçages de la bouche recueillis entre le 25 janvier et le 1^er mars 2021 en Colombie-Britannique. De ce nombre, environ 8 % étaient positifs au SRAS-CoV-2. La majorité des échantillons positifs ont été soumis à d’autres tests pour détecter et suivre la propagation des variants inquiétants, notamment les lignées B.1.1.7, B.1.351 et B.1.1.28/P.1, observées pour la première fois au Royaume-Uni, en Afrique du Sud, de même qu’au Japon et au Brésil, respectivement. Pour ce faire, les chercheurs ont utilisé un dosage qui balaie la séquence génomique du virus afin de déceler une mutation du nom de N501Y, contenue dans tous les variants inquiétants actuels, mais pas dans la souche standard du SRAS-CoV-2. Ils ont ensuite analysé de nouveau les échantillons contenant cette mutation préoccupante pour distinguer les variants inquiétants. Ils ont ainsi examiné d’autres mutations qu’on sait spécifiques à chaque variant, notamment la mutation 69/70 du variant B.1.1.7 d’abord observé au Royaume-Uni, la mutation K417N du variant B.1.351 d’abord observé en Afrique du Sud et la mutation V1176F du variant B.1.1.28/P.1 d’abord observé au Japon et au Brésil. En fin de compte, ils ont détecté 77 variants inquiétants : 57 correspondaient au variant en provenance du Royaume-Uni, sept, du variant en provenance de l’Afrique du Sud, et 13, du variant en provenance du Japon et du Brésil. Cette dernière observation était plutôt inattendue, puisqu’au moment de l’étude, très peu de cas de ce variant problématique étaient en circulation au Canada et aux États-Unis, et aucun n’avait encore été décelé en Colombie-Britannique.

« Grâce à cette technologie, nous avons repéré rapidement un groupe de cas de variants B.1.1.28/P.1 qui n’auraient pas été détectés autrement, affirme le D^r Romney. Depuis, nous avons décelé plus de cas de variants B.1.1.28/P.1 en Colombie-Britannique que dans l’ensemble des États-Unis et que dans tout autre pays, à l’exception du Brésil et de l’Italie. »

Il est important de préciser que les variants ont été décelés dans les 24 heures suivant l’analyse, ce qui est plus rapide que le séquençage du génome entier, l’une des stratégies actuelles de surveillance des variants. Au Canada, ce séquençage est effectué dans un sous-groupe aléatoire d’échantillons positifs au SRAS-CoV-2, ce qui signifie que certains cas de variants peuvent passer inaperçus. Par ailleurs, non seulement cette méthode de séquençage est-elle chronophage, mais elle est également très coûteuse. En revanche, un algorithme reposant sur l’amplification en chaîne par polymérase (PCR) comme celui présenté par le D^r Romney est ses collègues, coûte moins cher et peut facilement être intensifié pour dépister tous les échantillons positifs dans un laboratoire diagnostique, ce qui donnerait une longueur d’avance au suivi sanitaire approprié (retraçage des contacts, signalement des éclosions, etc.). De plus, les tests reposant sur la PCR sont adaptables et peuvent être parfois mis à jour pour cibler de nouvelles souches émergentes du virus. Enfin, même si l’échantillon clinique contient seulement une petite quantité de virus, celui-ci sera repéré.

Les auteurs avancent que leur stratégie de dépistage représenterait un excellent ajout à la méthode de surveillance continue des souches de variants actuellement utilisée dans les laboratoires diagnostiques du SRAS-CoV-2.