Par Mariana Bego
Des programmes de surveillance indépendants, qui examinent les séquences du virus SARS-CoV-2 associées aux cas de COVID-19, ont décelé simultanément plusieurs variants distincts porteurs de substitutions d’acides aminés ou de mutations à la même position génétique de la protéine spiculaire.
La première mutation a été nommée Q677P, car l’acide aminé en position 677 de la protéine spiculaire est passé d’une glutamine à une proline, abrégées respectivement par les lettres Q et P. La deuxième mutation, plus prévalente, a été nommée Q677H, car la glutamine en position 677 a été remplacée par l’histidine (abrégée par la lettre H). Ces mutations semblent s’être formées de manière indépendante, ce qui fournit de solides preuves d’adaptation virale. Ce phénomène est souvent observé lorsqu’une mutation confère un certain avantage au virus. Les virus porteurs de ces mutations ont d’abord été dépistés à la fin d’octobre 2020, surtout dans les régions du centre-sud et du sud-ouest des États-Unis. À la mi- janvier 2021, ces variants représentaient plus de 27 % de tous les cas de COVID-19 décelés dans l’État de la Louisiane.
Le variant porteur de la mutation Q677P a été nommé Pelican. Le variant Pelican, décelé pour la première fois en Oregon, est maintenant présent dans 12 États américains et quatre autres pays, soit l’Australie, le Danemark, la Suisse et l’Inde.
Plusieurs variants sont porteurs de la même mutation Q677H, mais sont différents dans d’autres régions du virus. Il s’agit des variants Robin, Mockingbird, Bluebird, Yellowhammer et Quail. Le variant Robin a été découvert dans plus de 30 États américains, mais est prévalent dans le Midwest. Le variant Yellowhammer est surtout présent dans le sud-est, le Bluebird, dans le nord-est, le Quail, dans le sud-ouest et le nord- est, et le Mockingbird, dans le centre-sud et les États de la côte est. D’autres variants porteurs de la mutation Q677H ont également été identifiés en Égypte, au Danemark et en Inde. Certains sont également porteurs de la substitution N501Y, caractéristique des variants hautement virulents décrits pour la première fois au Royaume-Uni. Ces résultats ont été diffusés dans une récente prépublication.
C’est la protéine spiculaire qui est responsable de la liaison aux récepteurs situés à la surface des cellules humaines, qui constitue la première étape pour permettre au virus de pénétrer dans les cellules et les infecter. La position de cette mutation sur la protéine spiculaire lui donnerait une pertinence fonctionnelle pendant la pénétration cellulaire, ce qui conférerait un avantage supplémentaire potentiel pour la transmission des virus porteurs de cette substitution. Des études devront être réalisées pour confirmer cette hypothèse.
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