Wilson M, Qiu Y, Yu J, Lee BE, McCarthy DT, Pang X. Comparison of Auto Sampling and Passive Sampling Methods for SARS-CoV-2 Detection in Wastewater. Pathogens. Le 16 mars 2022;11(3):359. doi : https://doi.org/10.3390/pathogens11030359.
Les résultats ou les conclusions contenus dans l’étude ne reflètent pas nécessairement les points de vue de tous les membres du GTIC.
Selon les résultats d’une étude financée par le GTIC publiée dans la revue Pathogens, dans l’ensemble, l’échantillonneur passif est un dispositif rapide, fiable et rentable pour surveiller les eaux usées. L’échantillonneur passif, qui contient des matières ou des membranes absorbantes, est installé dans une desserte d’égout ciblée pour saisir les virus pendant une période donnée. Ce procédé pourrait être utilisé comme autre méthode d’échantillonnage pour détecter le SRAS-CoV-2 dans les eaux usées de petits systèmes d’égout à faible débit. Cette étude était dirigée par la Dre Xiaoli Pang, en collaboration avec la Dre Bonita Lee, de l’Université de l’Alberta.
Dans cette étude, les auteurs ont examiné la détection du SRAS-CoV-2 dans des échantillons d’eau usées recueillis par échantillonneur passif et par échantillonneur automatique installés dans le système de drainage des égouts d’un hôpital local. L’échantillonneur passif est une méthode courante d’échantillonnage des eaux usées qui prélèvent des échantillons composites sur 24 heures. L’étude a également évalué les échantillonnages de surface, une méthode simple et pratique qui ne fait appel à aucun équipement particulier. Ce type d’échantillonnage peut rater les excrétions virales dans les égouts selon le moment de la journée et les activités humaines qui s’y associent. La surveillance que procure cet échantillonnage est donc moins représentative.
Faits saillants
- Les méthodes par tampons de coton et par membranes électronégatives de l’échantillonneur passif produisaient des taux de détection et de cycle seuil (valeurs Ct) semblables au moyen de l’amplification en chaîne par polymérase à transcription inverse quantitative (RT-qPCR) qui ciblait l’ARN du SRAS-CoV-2 contenu dans le gène des protéines nucléocapsidiques (N1 et N2).
- La méthode passive fonctionnait aussi bien qu’une méthode d’autoéchantillonnage standard, sans présenter de différence significative entre les valeurs Ct N1 et N2.
- Pendant deux jours, les échantillonneurs de surface et composites n’ont pas détecté de SRAS-CoV-2, tandis que les échantillons passifs donnaient des résultats positifs au SRAS-CoV-2. Ce peut être parce que les échantillonneurs passifs sont restés à la sortie de l’égout pendant plus de 24 heures et ont ainsi pu détecter les événements d’excrétion virale avant le début de la période d’échantillonnage automatique.
- L’échantillonneur passif est plus économique, exige moins de main-d’œuvre et permet de traiter les échantillons plus rapidement avant les tests que les méthodes classiques d’échantillonnage de surface ou d’échantillonnage automatique.
D’après ces observations, l’échantillonnage passif pourrait être un outil précieux dans le cadre des efforts de surveillance en cours, particulièrement dans les milieux dépourvus de ressources et les petites communautés. Il convient mieux aux petits systèmes d’égout à faible débit, tels que les écoles, les hôpitaux, les universités et les établissements de soins de longue durée. L’adoption de l’échantillonnage passif pour la surveillance des eaux usées pourrait favoriser la détection précoce du SRAS -CoV-2, le dépistage des étudiants, du personnel et des résidents d’établissements de soins ainsi que les mesures de prévention des maladies.
Entre avril et juin 2021, 15 échantillonneurs passifs ont été installés dans la sortie d’eaux usées d’un hôpital local, conjointement avec un échantillonneur automatique. La méthode RT-qPCR a été utilisée pour détecter le SRAS-CoV-2 dans les échantillons après le traitement et l’extraction de l’ARN.