Ce texte, rédigé par des membres du secrétariat du GTIC, résume l’article suivant :

Qiu Y, Yu J, Pabbaraju K, Lee BE, Gao T, Ashbolt NJ, Hrudey SE, Diggle M, Tipples G, Maal-Bared R, Pang X. Validating and optimizing the method for molecular detection and quantification of SARS-CoV-2 in wastewater. Sci Total Environ. Le 15 mars 2022;812:151434. doi : 10.1016/j.scitotenv.2021.151434.

Les résultats ou les conclusions contenus dans l’étude ne reflètent pas nécessairement les points de vue de tous les membres du GTIC.

Une étude financée par le GTIC publiée dans la revue Science of the Total Environment a rendu compte d’une nouvelle méthode de détection et de quantification moléculaires du SRAS-CoV-2 dans les eaux usées. Ce type de surveillance est devenu un outil prometteur pour estimer les changements populationnels à l’égard des infections communautaires, y compris l’évolution de la prévalence de l’infection par le SRAS-CoV-2. L’étude a permis de valider un test moléculaire qui concentre les virus contenus dans les eaux usées et détecte le SRAS-CoV-2 au moyen du dosage RT-qPCR. Cette méthode se révèle un outil utile pour la surveillance sanitaire de la COVID-19, en appui aux politiques sanitaires et aux mesures de prévention et de contrôle des infections. Cette étude était dirigée par la Pre Xiaoli Pang de l’Université de l’Alberta et des Laboratoires de précision de l’Alberta.

Principales observations pour optimiser les protocoles de surveillance des eaux usées

  • Ajustement du pH dans les eaux usées pour la récupération virale : Un ajustement des échantillons d’eaux usées au pH de 5 pour le faire passer à entre 9,6 et 10 avant le retrait des solides, puis à 7,0 après le retrait des solides pendant la concentration des eaux usées peut faciliter la désorption du virus contenu dans les matières solides et empêcher l’ARN viral de se dégrader en pH élevé.
  • Collecte d’échantillons et température d’entreposage de 4 °C : Pour éviter les cycles de congélation et de décongélation des échantillons d’eaux usées non congelées et congelées, il est recommandé de recueillir les eaux usées et de les entreposer à 4 °C pour limiter la dégradation du SRAS-CoV-2.
  • Trousses d’isolement de l’acide nucléique pour l’extraction de l’ARN viral : Parmi les trousses commerciales d’extraction de l’acide nucléique, la trousse d’isolement de l’ARN viral MagMAX-96 sélectionnée pour cette étude a tout autant produit une forte récupération de l’ARN viral que permis de gagner du temps grâce à l’automatisation.
  • Test RT-qPCR en une étape : Par rapport aux tests RT-qPCR en deux étapes pour dépister le SRAS-CoV-2, le test RT-qPCR en une étape a amélioré la sensibilité et exigé moins de temps et d’effort.

Ensemble, les résultats ont validé un protocole standard d’analyse du dépistage en une étape du SRAS-CoV-2 dans les eaux usées par le test RT-qPCR. Ce protocole a été mis en œuvre pour la surveillance ciblée des eaux usées auprès d’une cohorte en soins de longue durée qui participait à une étude immunitaire financée par le GTIC.