Ce texte, rédigé par des membres du secrétariat du GTIC, résume l’article suivant :

Coope RJN, Matic N, Pandoh PK, Corbett RD, Smailus DE, Pleasance S, Lowe CF, Ritchie G, Chorlton SD, Young M, Ally AA, Asano JK, Carlsen RE, Chahal SS, Zhao Y, Holmes DT, Romney MG, Jones SJM, Marra MA. Automated Library Construction and Analysis for High-throughput Nanopore Sequencing of SARS-CoV-2. J Appli Lab Med, 2022;, jfac054, https://doi.org/10.1093/jalm/jfac054.

Les résultats ou les conclusions contenus dans l’étude ne reflètent pas nécessairement les points de vue de tous les membres du GTIC.

Une récente étude financée par le GTIC, qui a été publiée dans le Journal of Applied Laboratory Medicine et réalisée par les Prs Marco Marra et Steven Jones et le Dr Marc Romney (Université de la Colombie-Britannique), démontre une optimisation du processus de séquençage à haut débit du génome entier des échantillons de SRAS-CoV-2. Les laboratoires cliniques et les équipes sanitaires pourront ainsi enquêter rapidement sur les éclosions potentielles de COVID-19 et les cas de réinfections par le SRAS-CoV-2 ou d’infections postvaccinales et surveiller les variants préoccupants nouveaux ou émergents.

Faits saillants

  • Pour procéder au séquençage génétique du SRAS-CoV-2, il fallait prévoir 12 heures pour préparer les échantillons, jusqu’à 24 heures pour effectuer le séquençage et une heure pour l’analyse. L’analyse du séquençage nécessitait de 20 à 60 minutes, selon le nombre d’échantillons dans le groupe. Enfin, 50 % des échantillons séquencés pouvaient être analysés avec succès au bout de cinq heures de séquençage.
  • Cette méthode pourrait vraisemblablement être utilisée pour fournir une analyse de séquençage en moins de 24 heures en fonction d’échantillons déjà extraits, notamment ceux contenant une abondance d’ARN.
  • Cette méthode a démontré la fiabilité rigoureuse de l’analyse.
  • Les tests PCR à polymorphisme de nucléotide simple utilisés pour détecter les mutations et le séquençage du génome entier faisant appel à ce pipeline pour détecter les variants préoccupants avaient une exactitude de 99,8 %.

Dans l’ensemble, ces travaux pourraient être utiles aux dirigeants de la santé publique et du contrôle des infections. Le séquençage viral est de plus en plus utilisé pour analyser les éclosions de SRAS-CoV-2 afin d’établir des liens entre les grappes de maladie et de contribuer à déterminer les mécanismes de transmission. Ce pipeline est également efficace pour caractériser les variants préoccupants.

Au total, 2 179 échantillons de SRAS-CoV-2 ont été séquencés en 25 cycles, chaque plaque contenant jusqu’à 92 échantillons et contrôles. La série contenait une médiane de 24 mutations par échantillon et un total de 1 281 mutations uniques. Au total, dix souches distinctes ont été observées dans la série, y compris trois variants préoccupants prévalents en Colombie-Britannique au printemps 2021.