Ceci est un résumé, rédigé par les membres du Secrétariat du GTIC, de :

  1. Qiu Y., Yu J., Pabbaraju K., Lee B.E., Gao T., Ashbolt N.J., Hrudey S.E., Diggle M., Tipples G., Maal-Bared R., Pang X. Validating and optimizing the method for molecular detection and quantification of SARS-CoV-2 in wastewater. Sci Total Environ. 15 mars 2022;812:151434. doi: 10.1016/j.scitotenv.2021.151434.
  1. Hubert C.R.J., Acosta N., Waddell B.J., Hasing M.E., Qiu Y., Fuzzen M., Harper N.B.J., Bautista M.A., Gao T., Papparis C., Van Doorn J., Du K., Xiang K., Chan L., Vivas L., Pradhan P., McCalder J., Low K., England W.E., Kuzma D., Conly J., Ryan M.C., Achari G., Hu J., Cabaj J.L., Sikora C., Svenson L., Zelyas N., Servos M., Meddings J., Hrudey S.E., Frankowski K., Parkins M.D., Pang X., Lee B.E. Emergence and Spread of the SARS-CoV-2 Omicron Variant in Alberta Communities Revealed by Wastewater Monitoring. medRxiv 2022.03.07.22272055; doi: https://doi.org/10.1101/2022.03.07.22272055.
  1. Daigle J., Racher K., Hazenberg J., Yeoman A., Hannah H., Duong D., Mohammed U., Spreitzer D., Gregorchuk B.S.J., Head B.M., Meyers A.F.A., Sandstrom P.A., Nichani A., Brooks J.I., Mulvey M.R., Mangat C.S., Becker M.G. A Sensitive and Rapid Wastewater Test for SARS-COV-2 and Its Use for the Early Detection of a Cluster of Cases in a Remote Community. Appl Environ Microbiol. 8 mars 2022;88(5):e0174021. doi: 10.1128/AEM.01740-21.

Les résultats et/ou conclusions contenus dans cette recherche ne reflètent pas nécessairement les opinions de tous les membres du GTIC.

Alors que les restrictions liées à la COVID-19 sont levées et que les tests de dépistage cliniques sont généralement limités à des fins de diagnostic dans les établissements de santé, l’ampleur réelle de l’infection par le SRAS-CoV-2 demeure largement méconnue. Il est donc extrêmement difficile de comprendre et de prévoir l’impact de la COVID-19 sur les infrastructures de santé publique à l’avenir. Une autre stratégie pour surveiller la tendance des infections au SRAS-CoV-2 dans la communauté consiste à utiliser les eaux usées recueillies dans des installations municipales de traitement des eaux. Comme d’autres agents pathogènes, le virus du SRAS-CoV-2 est excrété dans les selles des personnes infectées et une évaluation du virus total dans les eaux usées peut servir d’alternative aux tests PCR à l’échelle de la communauté. Dans des articles récents publiés dans Epidemiology, Science of the Total Environment et Applied and Environmental Microbiology, des chercheurs financés par le GTIC, les Dres Lily Pang et Bonita Lee de l’Université de l’Alberta et le Dr Chris Sikora d’Alberta Health Services, ainsi que des chercheurs de l’Agence de la santé publique du Canada (ASPC) présentent une stratégie optimale d’analyse des eaux usées et une autre trousse de test rapide multiplex offerte sur le marché pour comprendre la propagation communautaire en cours de la COVID-19 en temps réel dans d’importants centres métropolitains et des régions éloignées.

Coïncidant avec l’émergence du variant Omicron, les Drs Pang, Lee et Sikora ont validé et optimisé un protocole spécifiquement axé sur la surveillance du SRAS-CoV-2 dans les eaux usées au Canada(1). Leur équipe a optimisé des paramètres de traitement, de stockage et de test pour des échantillons composites d’eaux usées brutes prélevés sur 24 heures dans des installations de traitement des eaux usées pour effectuer des activités de surveillance quotidiennes ou hebdomadaires.  Ils ont montré que l’ARN viral pouvait être extrait efficacement de ces échantillons à l’aide d’un éventail de trousses offertes sur le marché. Dans l’ensemble, les chercheurs ont démontré l’applicabilité et le potentiel de l’utilisation des eaux usées pour la surveillance des infections par le SRAS-CoV-2 au Canada.

Suite à cette optimisation des tests, le groupe a démontré l’applicabilité de la surveillance des eaux usées sur le terrain en déployant cette stratégie afin d’évaluer le fardeau du SRAS-CoV-2 au niveau de la population en Alberta. (2). Les chercheurs ont recueilli des eaux usées de stations d’épuration municipales de la province jusqu’à trois fois par semaine. L’ARN a été extrait de ces échantillons et les séquences d’acide nucléique du SRAS-CoV-2 contre le variant Omicron ou Delta ont été amplifiées et quantifiées par RT-qPCR. L’utilisation de cette stratégie de test a permis de suivre l’émergence et la prévalence du variant Omicron dans des communautés un peu partout en Alberta. Ces données étaient comparables au nombre de cas quotidien de COVID-19 diagnostiqués cliniquement par Alberta Health Services. Comme prévu, les grandes villes comme Calgary et Edmonton ont présenté une émergence rapide du variant Omicron par rapport aux municipalités plus petites et plus éloignées.

Plus intéressant encore, Omicron représentait près de 100 % du nombre de cas de SRAS-CoV-2 dans les échantillons d’eaux usées près de deux semaines avant l’augmentation considérable des cas observés cliniquement en Alberta lors de la sixième vague. Ce rapport démontre que la surveillance des eaux usées peut offrir un signal précoce et sentinelle permettant d’évaluer le fardeau des variants préoccupants du SRAS-CoV-2 au niveau de la population dans d’importants centres métropolitains et des communautés éloignées.

Surveillance du virus dans des régions éloignées

La faisabilité de la surveillance des eaux usées dans des régions éloignées du Canada soulève certaines préoccupations importantes. Ces tests ne peuvent être effectués sur place et nécessitent généralement le transport des échantillons prélevés loin des stations d’épuration vers des laboratoires dotés de personnel spécialisé et d’équipements coûteux. Récemment, des chercheurs de l’Agence de la santé publique du Canada (ASPC) ont publié un article démontrant l’utilité d’une plateforme sensible et rapide de dépistage dans les eaux usées pour permettre le dépistage dans des communautés éloignées du Canada (3). Dans cet article, ils ont évalué un système de test rapide de Cepheid® (système GeneXpert®) qui peut fournir des résultats en 37 minutes et détecter plusieurs agents pathogènes, dont le SRAS-CoV-2, la grippe A et B et le virus respiratoire syncytial en temps quasi réel.

Ce test de dépistage du SRAS-CoV-2 GeneXpert® a démontré un haut degré de concordance (jusqu’à 98 %) avec les tests conventionnels de laboratoire. Comme application de cette plateforme, l’ASPC a déployé un de ces systèmes sur le terrain à Yellowknife, dans les Territoires du Nord-Ouest. Les eaux usées y ont été testées plusieurs fois par semaine avec le système GeneXpert. Il a permis de détecter l’émergence d’infections au SRAS-CoV-2 associées à des voyageurs récents dans les Territoires du Nord-Ouest. Au cours de cette étude pilote, ces résultats ont également été associés à un test standard de laboratoire de l’ASPC/Laboratoire national de microbiologie afin de déterminer l’identité du virus responsable de l’augmentation des taux d’infection.

Collectivement, ces études démontrent la puissance des applications et les avantages d’un test rapide sensible de dépistage du SRAS-CoV-2 dans les eaux usées, qui peut être déployé pour effectuer de la surveillance dans des régions éloignées, obtenir des résultats rapidement et ainsi contribuer à orienter des interventions immédiates en matière de santé publique.

Les tests de dépistage sur les eaux usées se sont avérés utiles pour la surveillance de la santé publique dans le passé : pour la surveillance des épidémies de polio, la consommation de drogues illicites et la détection de la résistance aux antimicrobiens (3). La capacité de détecter le SRAS-CoV-2 dans des échantillons de selles humaines et la détection précoce des signaux de transmission communautaire – précédant souvent de près d’une semaine les signaux cliniques d’une augmentation des cas – font de la surveillance des eaux usées un outil utile pour le suivi des maladies infectieuses en santé publique.