Ce texte, rédigé par des membres du secrétariat du GTIC, résume l’article suivant :

Khan AA, Sbihi H, Irvine MA, Jassem AN, Joffres Y, Klaver B, Janjua N, Bharmal A, Ng CH, Wilmer A, Galbraith J, Romney MG, Henry B, Hoang LMN, Krajden M, Hogan CA. Prediction of SARS-CoV-2 transmission dynamics based on population-level cycle threshold values: A Machine Learning and mechanistic modeling study. medRxiv. Le 6 mars 2023. doi : https://doi.org/10.1101/2023.03.06.23286837.

Les résultats ou les conclusions contenus dans l’étude ne reflètent pas nécessairement les points de vue de tous les membres du GTIC.

Dans une prépublication qui n’a pas encore été révisée par un comité de lecture, des chercheurs financés par le GTIC ont établi que l’apprentissage machine et la modélisation de la transmission épidémique permettaient de prédire avec précision les cas de SRAS-CoV-2 pendant la vague Omicron. La modélisation faisait appel aux résultats du test PCR chez les personnes asymptomatiques. Le Dr Marc Romney, un chercheur financé par le GTIC, et le Dr Mel Krajden, ancien membre du sous-groupe de travail sur le leadership du GTIC (tous deux de l’Université de la Colombie-Britannique), ont contribué à cette étude.

Faits saillants

  • Plusieurs modèles d’apprentissage machine, mis au point dans les simulations de vastes ensembles de données, ont prédit avec exactitude les tendances épidémiques simulées du SRAS-CoV-2.
  • Le modèle de transmission de l’épidémie a prédit avec exactitude l’incidence réelle de SRAS-CoV-2 observée en Colombie-Britannique. Le modèle a également été validé à l’aide de données tirées d’une éclosion dans un établissement de soins de longue durée.
  • Les deux approches ont dû être corrigées en fonction d’un nouveau contexte, dans lequel le variant Omicron (dont la période d’incubation est plus courte que celle des autres variants du SRAS-CoV-2) était prédominant et la couverture vaccinale de la population était très hétérogène. Malgré tout, les modèles ont obtenu d’aussi bons résultats.

Au début de la pandémie de COVID-19, les chercheurs estimaient la séroprévalence du SRAS-CoV-2 par l’analyse des tests PCR effectués au sein de la population canadienne. Aujourd’hui, les tests PCR sont limités à certains groupes de personnes symptomatiques ou vulnérables. Les tests antigéniques rapides représentent le mode de dépistage prédominant actuellement utilisé au sein de la population générale pour dépister une infection par le SRAS-CoV-2. Puisque les résultats des tests antigéniques ne sont pas toujours transmis aux autorités sanitaires, de nouveaux outils s’imposent pour évaluer l’incidence de SRAS-CoV-2 au sein de toute la population.

Les modèles peuvent être utilisés pour prédire la dynamique de transmission du SRAS-CoV-2 et apporter un soutien essentiel aux prises de décision et à la planification de l’affectation des ressources, des stratégies vaccinales et des pratiques d’isolement. Ils peuvent également être adaptés à des milieux particuliers, comme les hôpitaux et les établissements de soins de longue durée.

L’étude incluait des personnes atteintes d’une infection par le SRAS-CoV-2 confirmée par test PCR sous forme d’écouvillon nasopharyngé ou de gargarisme de soluté de chlorure de sodium à 0,9 % entre le 19 novembre 2021 et le 8 janvier 2022. Elle a permis de saisir l’émergence de la vague Omicron en Colombie-Britannique.