Des chercheurs proposent un nouveau test SNP-PCR pour sous-typer le SRAS-CoV-2 et ses variants

Des chercheurs financés par le GTIC ont publié une courte lettre dans la revue Clinical Microbiology and Infection dans laquelle ils proposent une approche complémentaire, le test SNP-PCR, comme démarche diagnostique de première ligne. Le test SNP-PCR repose sur la détection de variations génomiques ciblées mineures dans les variants du SRAS-CoV-2 (qu’on appelle aussi polymorphismes mononucléotidiques). Cette technologie peut être facilement mise en œuvre et déployée pour vite déceler l’émergence de nouveaux variants au Canada et y répondre tout aussi rapidement. Cette étude était dirigée par le D^r Marc Romney, en collaboration avec les D^rs Christopher Lowe et Nancy Matic (tous de l’Université de la Colombie-Britannique).

Faits saillants

• La détection des polymorphismes mononucléotidiques par amplification en chaîne par polymérase (SNP-PCR) est complémentaire au séquençage du génome entier (SGE). Le SGE consiste à lire l’ensemble du génome viral pour dépister un variant viral, mais le test SNP-PCR cible expressément des variants par l’amplification et la détection de mutations connues précises dans le génome viral.
• Depuis janvier 2021, des équipes de l’Université de la Colombie-Britannique ont utilisé le test SNP-PCR pour procéder au sous-typage des échantillons positifs à la PCR et ont validé les résultats par SGE. L’algorithme SNP-PCR utilisé pour classer les variants viraux ont été constamment mis à jour pour intégrer les nouvelles mutations reflétées dans les plus récents variants préoccupants, tels que les variants Omicron XBB, XBB1.5 et B.Q.1.1.
• Les chercheurs ont validé le test SNP-PCR par SGE et démontré une excellente concordance :
  • En septembre 2022, la concordance en pourcentage entre le test SNP-PCR et le SGE s’établissait à 100 % pour dépister les variants soumis aux tests (20 sur 20 pour les échantillons du variant BA.1 [100 %], 26 sur 26 pour les échantillons du variant BA.2 [100 %], sept sur sept pour les échantillons du variant BA.4 [100 %] et 20 sur 20 pour les échantillons du variant BA.5 [100 %]).
  • Étant donné l’évolution de la pandémie, le groupe de chercheurs a mis à jour l’algorithme SNP-PCR en mars 2023 et revalidé le test SNP-PCR par SGE. Le groupe a constaté un fort degré de cohérence : 26 sur 26 pour les échantillons des variants Q.1/B.Q.1.1 (100 %), un sur un pour l’échantillon XBB (100 %) et 33 sur 38 pour les échantillons XBB.1.5 (86,8 %). Le SGE a confirmé que la discordance entre les cinq échantillons XBB.1.5 était attribuable à des souches rares qui ne faisaient pas partie de l’algorithme de dosage utilisé pour le dépistage.
• Le test SNP-PCR est une méthode PCR multiplex à un seul puits qui permet de déceler de multiples variants dans un seul test (les auteurs en ont repéré jusqu’à sept). Il présente d’autres avantages, tels qu’une grande précision, une flexibilité élevée et une adaptabilité marquée au sous-typage du SRAS-CoV-2. Il pourrait aussi être utilisé pour déceler des variants dans des échantillons de PCR aux faibles cycles seuil (un nombre de copies virales extrêmement faible) qui peuvent compliquer le SGE.
• Les résultats non définitifs du test SNP-PCR peuvent être indicateurs de souches peu fréquentes, qui peuvent ensuite être dépistées et priorisées pour le SGE.

En raison de l’évolution du SRAS-CoV-2, il est important d’utiliser des méthodologies de laboratoire adaptatives en mesure de dépister et de caractériser avec efficacité les variants viraux sous forme de stratégies de détection précoce des variants préoccupants en émergence. Le test SNP-PCR se révèle une approche rentable, flexible et adaptative que peuvent utiliser les laboratoires diagnostiques du Canada pour surveiller le SRAS-CoV-2 et en assurer la prise en charge clinique.