Par Varun Anipindi
Le sous-continent indien est traumatisé par une deuxième vague sans précédent de COVID-19 depuis mars 2021. Le pays est aux prises avec une augmentation exponentielle des cas de COVID-19 et des décès en découlant, causée par l’émergence du nouveau variant B.1.617, décrit pour la première fois dans l’État du Mahaashtra. Depuis, le variant a rapidement envahi toute la nation et émergé dans au moins 40 autres pays, y compris au Canada.
Faits saillants
- Des mutations particulières, observées dans la lignée B.1.617, sont responsables de la plus grande transmission virale.
- Le portefeuille actuel de vaccins et de traitements antiviraux confère toujours une protection efficace (quoique dans une moindre mesure) contre ce nouveau variant.
Le nouveau variant B.1.617 accueille huit mutations dans la protéine spiculaire, y compris les mutations L452R et E484Q dans le domaine de liaison des récepteurs (RBD; qui cible essentiellement le récepteur des ACE2 exprimé sur diverses cellules humaines) et une mutation P681R qui accroît la fusion virale dans la cellule hôte. Depuis quelques semaines, trois prépublications ont porté sur l’émergence et la sensibilité de ce variant à l’égard des traitements à base d’anticorps et des vaccins actuellement sur le marché.
Une prépublication de Ferreira I. et coll. s’attarde sur l’évolution de la souche B.1.617 et sur la possibilité de transmission accrue et d’infection de personnes déjà vaccinées. Les chercheurs ont caractérisé trois lignées de ce variant, soit les lignées B.1.617.1, B.1.617.2 et B.1.617.3, dont les deux premières se propagent régulièrement en Inde et au Royaume-Uni, respectivement. Fait déterminant, la surveillance des travailleurs de la santé qui ont reçu le vaccin d’AstraZeneca à New Delhi a démontré que le variant B.1.617.2 était associé à l’infection de 30 personnes déjà vaccinées pendant la deuxième vague de mars 2021. Selon les chercheurs, les mutations E484Q et L452R pourraient expliquer la réduction de la capacité neutralisante du sérum des personnes vaccinées. Enfin, ils ont démontré que l’ajout de la mutation P681R induisait une fusion virale plus élevée avec les cellules hôtes, qui pourrait être associée à une hausse de la transmission.
Ferreira I, Datir R, Kemp S, Papa G, Rakshit P, Singh S, Meng B, Pandey R, Ponnusamy K, Radhakrishnan VS, le consortium indien de la génomique du SRAS (INSACOG), la collaboration en bioressource sur la Covid-19 de CITIID-NIHR, Sato K, James L, Agrawal A, Gupta RK. SARS-CoV-2 B.1.617 emergence and sensitivity to vaccine-elicited antibodies. bioRxiv. Le 18 mai 2021. doi : 10.1101/2021.05.08.443253.
Dans une autre prépublication de Hoffmann et ses collègues, les chercheurs sont parvenus à un consensus semblable quant aux raisons pour lesquelles le variant B.1.617 entraînerait une augmentation des infections et des décès causés par la COVID-19 en Inde. Ils ont démontré que ce variant était mieux en mesure de pénétrer dans les cellules et d’infecter un plus large éventail de cellules ciblées, notamment celles de l’intestin et des poumons humains. Cela dit, les traitements actuels semblent encore efficaces pour bloquer la pénétration virale. Des inhibiteurs comme les ACE2 solubles (qui bloquent le RBD viral) et le camostat (qui empêche l’activation de la protéine S) ont réussi à bloquer l’interaction du RBD viral avec les cibles des ACE2 à la surface des cellules. Toutefois, deux des quatre anticorps monoclonaux actuellement approuvés (casirivimab et bamblanivimab) ne bloquaient pas le variant B.1.617. Enfin, les auteurs ont établi que, dans une faible mesure, ce variant pourrait échapper au contrôle des anticorps chez les patients convalescents de la COVID-19 ou aux anticorps induits par les vaccins à ARNm de Pfizer-BioNTech.
Hoffmann M, Hofmann-Winkler H, Krüger N, Kempf A, Nehlmeier I, Graichen L, Sidarovich A, Moldenhauer A-S, Winkler MS, Schulz S, Jäck H-M, Stankov MV, Behrens GMN, Pöhlmann S. SARS-CoV-2 variant B.1.617 is resistant to Bamlanivimab and evades antibodies induced by infection and vaccination. bioRxiv. Le 5 mai 2021. doi : 10.1101/2021.05.04.442663.
Enfin, dans une prépublication d’Edara et de ses collègues, les chercheurs ont fait appel à un dosage de neutralisation in vitro pour démontrer que le variant B.1.617.1 serait de six à huit fois moins susceptible d’être neutralisé par les anticorps de sérum de convalescents de la COVID-19 ou de personnes ayant reçu le vaccin à ARNm de Moderna ou de Pfizer-BioNTech.
Edara V-V, Lai L, Sahoo MK, Floyd K, Sibai M, Solis D, Flowers MW, Hussaini L, Ciric CR, Bechnack S, Stephens K, Mokhtari EB, Mudvari P, Creanga A, Pegu A, Derrien-Colemyn A, Henry AR, Gagne M, Graham BS, Wrammert J, Douek DC, Boritz E, Pinsky BA, Suthar MS. Infection and vaccine-induced neutralizing antibody responses to the SARS-CoV-2 B.1.617.1 variant. bioRxiv. Le 10 mai 2021. doi : 10.1101/2021.05.09.443299.