Ce texte, rédigé par des membres du secrétariat du GTIC, résume l’article suivant :

Yoo S, Garg E, Elliott LT, Hung RJ, Halevy AR, Brooks JD, Bull SB, Gagnon F, Greenwood CM, Lawless JF, Paterson AD, Sun L, Zawati MH, Lerner-Ellis J, Abraham RJS, Birol I, Bourque G, Garant J-M, Gosselin C, Li J, Whitney J, Thiruvahindrapuram B, Herbrick J-A, Lorenti M, Reuter MS, Liu S, Allen U, Bernier FP, Biggs CM, Cheung AM, Cowan J, Herridge M, Maslove DM, Modi BP, Mooser V, Morris SK, Ostrowski M, Parekh RS, Pfeffer G, Suchowersky O, Taher J, Turvey SE, Upton J, Warren RL, Yeung RSM, Aziz N, Knoppers BM, Lathrop M, Jones SJM, Scherer SW, Strug LJ. HostSeq: A Canadian Whole Genome Sequencing and Clinical Data Resource. medRxiv. Le 10 mai 2022. doi : 10.1101/2022.05.06.22274627.

Les résultats ou les conclusions contenus dans l’étude ne reflètent pas nécessairement les points de vue de tous les membres du GTIC.

La plateforme HostSeq, créée en avril 2020, est une collaboration nationale d’études populationnelles sur les facteurs de risque génétiques de l’infection par le SRAS-CoV-2 et des résultats cliniques qui s’y rattachent. Jusqu’à présent, HostSeq a recueilli 60 % de l’information génomique et clinique auprès de 10 000 Canadiens de tout âge ayant reçu un diagnostic de SRAS-CoV-2.

Les données récoltées par HostSeq peuvent être consultées dans deux portails en libre accès ou après une demande d’accès contrôlé aux données. Trois des 13 études faisant partie de HostSeq sont partiellement financées par le GTIC, y compris genMARK, dirigée par le Pr Upton Allen au Hospital for Sick Children, la Banque québécoise de la COVID-19 (BQC19), dirigée par le Dr Vincent Mooser, et CANCOV, dirigée conjointement par les Dres Angela Cheung and Margaret Herridge du Réseau universitaire de santé de Toronto. Cet article qui présente HostSeq est une prépublication qui n’a donc pas encore été révisée par un comité de lecture.

Faits saillants

  • Selon les données faisant actuellement partie de la base de données HostSeq, les participants avaient un âge médian de 49,6 ans, 44,1 % étaient des hommes, 41,8 % avaient dû être hospitalisés à cause de leur infection par le SRAS-CoV-2 et 14,1 % avaient été admis en soins intensifs.
  • Chaque étude partenaire d’HostSeq a obtenu le consentement des participants, recueilli des prélèvements de santé pour procéder au séquençage du génome entier et consigné l’information clinique à l’aide de formulaires standardisés de déclaration des soins.
  • HostSeq offre le libre accès à certaines de ses données par l’entremise des deux portails de données suivants : le portail des phénotypes (qui contient le résumé des principales variables cliniques colligées par des études partenaires, en anglais) et le portail de recherche des variants (qui permet aux utilisateurs de chercher des régions précises des données génétiques de HostSeq).
  • L’accès aux données individuelles de HostSeq, conservées dans un répertoire de données nuagiques à accès contrôlé, peut être accordé après analyse et approbation par un bureau de conformité d’accès aux données, indépendant, de HostSeq.
  • HostSeq est lié aux bases de données administratives provinciales du domaine de la santé et fournit donc des données supplémentaires sur les résultats cliniques à long terme des participants, qui peuvent éclairer les chercheurs quant à la présence d’affections postinfectieuses comme la COVID longue et la vulnérabilité à de nouveaux diagnostics comme le diabète et le cancer.

Découvrez-en davantage sur l’initiative HostSeq ici, en anglais.