Ce texte, rédigé par des membres du secrétariat du GTIC, résume l’article suivant :

Matic N, Lowe CF, Ritchie G, Young M, Lawson T, Romney MG. Omicron (B. 1.1. 529) SARS-CoV-2 viral load among nasopharyngeal and oral samples compared to other Variants of Concern and impact on diagnostic testing strategy. Clin Microbiol Infect. Le 11 mai 2022. doi : https://doi.org/10.1016/j.cmi.2022.04.022.

Les résultats ou les conclusions contenus dans l’étude ne reflètent pas nécessairement les points de vue de tous les membres du GTIC.

Selon une lettre publiée par la revue Clinical Microbiology and Infection, un écouvillon nasopharyngé ou un rinçage buccal peut déceler le variant Omicron chez les personnes infectées, même si la quantité de virus décelable par écouvillon est dix fois plus élevée que par rinçage buccal. C’est une observation importante, car le rinçage buccal peut être la seule façon acceptable de dépister l’infection par le SRAS-CoV-2. L’étude a été dirigée par le Dr Marc Romney, un chercheur de l’Université de la Colombie-Britannique financé par le GTIC.

Le variant Omicron se réplique plus abondamment dans les voies respiratoires supérieures que les autres variants préoccupants et que la souche originale du SRAS-CoV-21. Il est donc postulé que des sécrétions orales comme la salive permettraient de mieux déceler ces variants de la COVID-19 que les sécrétions nasales. D’après ces résultats, le prélèvement nasopharyngé demeure toutefois très efficace pour déceler le variant Omicron.

Faits saillants

  • Parmi les plus de 8 000 tests positifs au SRAS-CoV-2, les charges virales étaient en moyenne dix fois plus élevées dans les écouvillons nasopharyngés que dans les rinçages buccaux (également appelés « gargarismes »).
  • Les écouvillons nasopharyngés possédaient des charges virales plus élevées et étaient plus sensibles, mais les rinçages buccaux demeurent une option appropriée pour déceler le SRAS-CoV-2, particulièrement dans les contextes où la collecte par écouvillon nasopharyngé n’est pas offerte ou est moins acceptable ou acceptée.
  • Les charges virales du variant Omicron n’étaient pas tellement différentes de celles d’autres variants préoccupants, même en tenant compte du moment de la collecte des échantillons.

Étaient inclus dans l’analyse 6 456 écouvillons nasopharyngés et 1 603 rinçages buccaux positifs aux variants Alpha, Delta, Gamma ou Omicron. Les prélèvements ont été soumis aux tests PCR diagnostiques entre février 2021 et la mi-janvier 2022 en Colombie-Britannique et au Yukon. Les tests d’antigène rapide par écouvillon nasal n’ont pas été évalués dans cette étude.

1 Hui KP, Ho JC, Cheung MC, Ng KC, Ching RH, Lai KL, Kam TT, Gu H, Sit KY, Hsin MK, Au TW. SARS-CoV-2 Omicron variant replication in human bronchus and lung ex vivo. Nature. Le 1er février 2022. doi : 10.1038/s41586-022-04479-6